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查革氏病的傳播媒介之一—紅帶錐蝽的染色體水平的基因組研究
時間:2020-03-09 點擊次數:68

查革氏病的傳播媒介之一—紅帶錐蝽的染色體水平的基因組研究

美洲錐蟲病(American trypanosomiasis)又稱恰加斯病(Chagas disease),是由克氏錐蟲(Trypanosoma cruzi)引起的一種傳染病。其主要通過媒介昆蟲錐蝽傳播,也可通過輸血或器官移植、母嬰、經口或直接接觸等方式傳播。由于其確診率低,無疫苗可以預防,并且到病程晚期沒有特效的藥物,因此,有學者把它稱為“新型艾滋病”。

紅帶錐蝽是恰加斯病的媒介之一,在全球45個國家廣泛分布。我國東南沿海也有紅帶錐蝽廣泛分布。盡管紅帶錐蝽對人類的健康非常重要,但迄今為止,它的起源仍不清楚,也沒有一個標準的參考基因組。

本研究利用單分子DNA測序技術(即PacBio Sequel平臺)測序了一個雌性紅帶錐蝽的基因組,成功地重建了其覆蓋90%核基因組(757mb)的全基因組(680mb)。通過Hi-C分析,本研究重建了這個雌性個體的全長染色體,它有13條獨特的染色體(2n=24=22+X1+X2)。其contig N50為2.72MB, scaffold N50為50.7MB。超過95.1%的BUSCO基因是單拷貝,表明基因組高度完整。這個基因組已經達到了基準面精度99.99%。這個鉑金級基因組有12691個注釋的蛋白質編碼基因。

本研究組裝了一個鉑金級紅帶錐蝽標準參考基因組組裝,其注釋信息將為后續的比較基因組研究以及紅帶錐蝽性別決定機制分析和和恰加斯病的病原的相互關系的深入研究提供基礎。

本文發表在GigaScience,中國疾控中心寄生蟲病所媒傳熱帶病室劉琴為第一作者,周曉農,陳楠生為共同通訊作者

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